La Biblioteca Ambrosiana custodisce: due preziosi manoscritti autografi di Giovanni Boccaccio: il commento all' "Etica Nicomachea" e un intero codice autografo dell' autore. Un’altra importante scoperta e un arricchimento del fondo dell' Ambrosiana, sono i 1275 fogli del Codice Atlantico di Leonardo da Vinci, dono del Marchese Arconati fu acquisito nel 1637.
Il Carteggio tra il letterato veneziano Pietro Bembo e Lucrezia Borgia è di grande valore storico.
Tra le collezioni speciali si segnalano quelle degli statuti, delle edizioni aldine di Aldo Manuzio, della Tipografia Volpi-Cominiana e Bodoniane, nonché la ricchissima collezione delle incisioni e delle stampe, il fondo arabo ed orientale, la biblioteca glottologica-dialettale di Carlo Salvioni e la raccolta araldica di Eugenio Casanova. La collezione numismatica del marchese Castiglioni e la collezione di avori miniati sinigaglia.
Numerosi palinsesti con pezzi pregiatissimi come i frammenti delle “Vidularia” di Plauto e manoscritti miniati come il libro d’ore.
La sala lettura, la sala deposito, la sala Ratti che conserva un’imponente collezione di libri di viaggi donati da bibliofili. E ancora la sala jemale, la sala Fagnani oggi deposito di manoscritti, la sala federiciana, la sala del prefetto e sala della rosa.
Codice Atlantico